في مارس/آذار 2017، استقال علي ماهر من تدريب منتخب مصر للناشئين، اعتراضا على تدخل مسؤولين في اتحاد الكرة في اختيار أعضاء جهازه المعاون. بعد نحو تسع سنوات، عاد إلى الاتحاد نفسه لكن هذه المرة مدربا لمنتخب مصر الأول، خلفا لحسام حسن، قبل أيام من مواجهتي مالاوي في تصفيات كأس الأمم الأفريقية 2027.
جاء قرار تعيين علي ماهر بعدما أمضى أكثر من عقد في تدريب أندية الدوري المصري، وتوج بكأس الرابطة مرتين، وقاد فرقا إلى المنافسة على المراكز المؤهلة للبطولات الأفريقية.




